Cobalto

O HPC formatou o cluster Cobalto com o objetivo de deixar o uso dos clusters o mais homogêneo possível. Seu uso é similar ao Titanio.

Limite de armazenamento
Cada usuário tem um limite de 25GB de armazenamento na pasta /home.

Acesso
Semelhante ao Titanio. Basta trocar "172.17.10.12" por "172.17.10.22".

Submissão de jobs
Há duas diferenças entre submeter jobs no Titanio e no Cobalto.
A primeira é que as variáveis de ambiente devem ser carregadas pelo usuário antes de submeter o job. O slurm carrega as variáveis de ambiente do usuário para os nós em que o job será executado.
A segunda é que o "srun" deve ser substituído por "mpirun".

Exemplo: job Gromacs
Arquivo
#!/bin/bash
#SBATCH -n 128
CASE=gromacs-mpi

go mpirun -n 128 mdrun_mpi -v -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

Submissão
module load gromacs
sbatch <arquivo_job>