Filas

Para organizar a execução dos processos entre os diversos servidores que compõe o cluster Titânio é utilizado um gerenciador de filas chamado SLURM.

O cluster possui 3 filas:

  • medium (padrão)

Fila que permite a execução de processos seriais, paralelos de memória compartilhada (SMP/OpenMP) e paralelos de memória distribuída (MPI).
A duração da execução está limitada a 4 dias e um máximo de 4 servidores (256 cores) por processo.

  • long

Fila que permite a execução de processos seriais, paralelos de memória compartilhada (SMP/OpenMP) e paralelos de memória distribuída (MPI).
A duração da execução está limitada a 14 dias e um máximo de 2 servidores (128 cores) por processo.

  • gpu

Fila exclusiva para processamento com aceleradores gráficos (GPGPU). Cada servidor de processamento dispõe de 3 placas NVIDIA Tesla. A execução de cada processo está limitada em 4 dias.

Áreas para arquivos

  • /home

Diretório padrão, está disponível em todos os nós através de NFS. Deve ser usada para manter os arquivos de entrada e resultados das simulações.

NÃO DEVE SER UTILIZADO PARA A ESCRITA DE DADOS DURANTE A SIMULAÇÃO.

Atualmente não recebe backup. Cabe aos usuários fazerem uma cópia de segurança dos arquivos que considerarem importantes.

  • /scratch-local

Diretório não compartilhado entre os nós, para ser usado para arquivos temporários (scratch) durante as simulações (seriais e SMP). Por ser implementado com SSD, é muito rápido. Não recebe backup.

  • /scratch-global

Diretório compartilhado entre os nós (NFS), para ser usado para arquivos temporários (scratch) durante as simulações paralelas (MPI). Não é tão rápido como o /scratch-local. Não recebe backup.

Carregando programas instalados

Para evitar interferências entre as aplicações instaladas no cluster, disponibilizamos para cada uma módulos de variáveis de ambiente. Assim, antes de usar a aplicação, você deve carregar o ambiente desejado.

Listando os ambientes disponíveis

module avail

Resultado:

--------------------------------- /opt/modules ---------------------------------
cpmd/3.17.1(default)          lammps/20150116(default)
cuda/6.5(default)             namd/2.10b1-cpu(default)
dftb+/1.2.2(default)          namd/2.10b1-gpu
gaussian/09(default)          namd/cpu
gromacs/5.0.1(default)        namd/gpu
gromacs/5.0.1-gpu             openmpi/1.5.4(default)
gromacs/cpu                   orca/3.0.1(default)
gromacs/gpu                   python/2.7.9(default)
intel/compilers/2013(default) quantum-espresso/5.1(default)
intel/mpi/4.0                 siesta/3.2.5(default)
intel/mpi/4.1(default)        vasp/5.3(default)

Carregando um ambiente

module load <nome>

Carregando um ambiente

module list

descarregando um ambiente

module unload <nome>